Η ιστορία της αλχημείας ιχνηλατείται στα βάθη των αιώνων.

Αναπτύχθηκε μέσα από τις ιερατικές διαστάσεις της αρχαίας μεταλλουργικής τέχνης: έχει αποδειχθεί ότι στα βάθη της αρχαιότητας, η μεταλλουργική τέχνη συνοδευόταν από ισχυρούς μύθους και τελετουργικές πρακτικές, ενώ οι αρχαίοι μεταλλουργοί περνούσαν από μυητικές διαδικασίες προκειμένου να τους επιτραπεί να εργαστούν με τα μέταλλα. Κάποια στιγμή αυτή η παράδοση συμπεριέλαβε διάφορες άλλες πρακτικές, όπως η επεξεργασία των υφασμάτων, των χρωμάτων, κ.ο.κ., και των ουσιών που χρησιμοποιούνταν στην πρώιμη ιατρική, οπότε η αρχαία αλχημεία έχει συνδεθεί άρρηκτα με οποιαδήποτε διαδικασία επεμβαίνει στη Φύση – αλλά πάντοτε με τον υπέρτατο σεβασμό για τη Φύση, καθώς πιστευόταν ότι η αλχημική πράξη ήταν διαδικασία επίσπευσης φυσικών διεργασιών, και όχι επέμβασης με την σημερινή έννοια.

Η αλχημεία αναπτύχθηκε σχεδόν ταυτόχρονα στους προηγμένους πολιτισμούς της αρχαιότητας: στην Ινδία, την Κίνα και την Αίγυπτο, και στη συνέχεια και στην Ελλάδα.

Σε γενικές γραμμές μπορούμε να πούμε ότι όλη η αλχημική διαδικασία αποσκοπούσε στον ταυτόχρονο εξαγνισμό και την τελειοποίηση της ύλης και της ψυχής.